2014 yılında çağımızın ihtiyacı olan donanıma sahip alimeleri yetiştirmek maksadıyla kurulan EDEP, bu amacı pekiştirmek ve faaliyetlerini de desteklemek amacıyla kuruluş aşamasında İslami İlimler ile Sosyal Bilimler alanında, “Muhammed Emin Er Kütüphanesi” adını verdiği, müracaat ve ihtisas kütüphanesi oluşturmaya başlamıştır. Hadis ve Fıkıh alanlarında ihtisas seviyesinde bir birikime sahip olan kütüphane ayrıca Akaid, Tefsir, Tarih, Sosyoloji gibi alanlarda temel kitaplarıyla da EDEP öğrencilerine ve akademik araştırma yapmak isteyenlere hizmet sunmaktadır. Alansal kitapların yanında çok sayıda edebi ve biyografik esere sahip olan kütüphanede hali hazırda Necip Fazıl Kısakürek, Sezai Karakoç, Samiha Ayverdi, İskender Pala gibi isimlerin koleksiyonları da bulunmaktadır.
Prof. Dr. Mehmet Erkal’ın ikibine yakın kitabının da kütüphaneye vakfedilmesiyle birlikte kütüphanenin
çok çeşitli alanlardan nitelikli kitaplarının sayısı artmıştır. Kütüphane özellikle Arapça olmak üzere dil bilgisi üzerine de pek çok kitabı öğrencilerin istifadesine sunmaktadır. Sorumluluğu EDEP araştırmacılarından Şeyma Özdemir’e verilen kütüphanede, her geçen gün artan kitapların tamamının YORDAM 2001 otomasyon programına aktarılması ihtiyacı gündeme gelmiştir. Bu ihtiyacı karşılamak için bahsi geçen program kurulmuş olup kitapların otomasyona girilmesi işlemi EDEP araştırmacıları tarafından yapılmaktadır. Şu ana kadar ciltleriyle beraber üçbin civarında kitabın kaydı girilmiş olup günden güne bu sayı artmaktadır. Kayıtların tamamı ilgili programa aktarıldıktan sonra ciltlerin haricinde sayıları yaklaşık yedibini bulması planlanan kitaplar, gerek kütüphane içindeki bilgisayarlarla gerekse de web sitesi üzerinden aranabilecektir. Kütüphane koleksiyonundaki kitaplar, Dewey Onlu Sınıflama Sistemine (DDC) göre sınıflandırılmakta ve açık raf sistemiyle EDEP öğrencilerinin istifadesine sunulmaktadır.